En la historia se muestran las vivencias de dos hermanos alquimistas, que pese al tabú impuesto al respecto, intentaron resucitar a su madre. Esta prohibición pesa sobre la llamada transmutacion humana, mediante la cual, si uno comprende perfectamente el proceso, se puede reconstruir de cero un cuerpo humano, e insertar en él, el alma del difunto, u otra creada artificialmente.

La alquimia humana se rige, igual que toda alquimia, por el Principio de Intercambio Equivalente: hay que dar algo de un determinado valor para conseguir algo del mismo valor.Sin embargo, para realizar la dicha alquimia, se necesitan dos cosas muy preciadas: los conocimientos para llevar a cabo la transmutación, y la propia alma. Y por ambas, hay que pagar. Los hermanos Elric desconocían que el precio sería el cuerpo de Alphonse, el menor, y la pierna izquierda de Edward, el mayor. Tras esto, y en un momento de desesperación, Ed sacrificó su brazo derecho para recuperar el alma de su hermano y atarla a una armadura.

  Ed sustituyó los miembros perdidos mediante Automail, y poco después empezó junto a su hermano a viajar por todo el país buscando la forma de recuperar la totalidad de sus cuerpos originales.

Para ello, Ed acepto la oferta de un oficial del Estado, el Teniente Coronel, Roy Mustang, para ser parte del ejercito, donde alcanza el rango de Alquimista Nacional, donde se le da el nombre de Alquimista de Acero (por sus miembros de metal), lo cual les da más libertad de movimiento.

Su búsqueda les lleva por numerosas situaciones, y acaba dirigiéndose a la consecución de un artefacto o sustancia, la Piedra Filosofal, que permite realizar alquimia sin tener en cuenta el Principio de Intercambio Equivalente. No son los únicos que la buscan, unos seres llamados homúnculos persiguen lo mismo con oscuras intenciones.

Naruto, un aprendiz de ninja de la Aldea Oculta de Konoha es un chico travieso que desea llegar a ser el Hokage de la aldea para demostrar a todos lo que vale. Lo que descubre al inicio de la historia es que la gente le mira con desconfianza porque en su interior está encerrado el demonio  Kyubi que una vez destruyó la aldea, y que el anterior líder de la misma tuvo que encerrar en su cuerpo siendo aún muy pequeño, a coste de su vida.Aunque sus compañeros no saben esto, tampoco le aprecian porque es mal estudiante y siempre está haciendo bromas.

Sin embargo, la forma de actuar y la determinación de Naruto demuestran a los demás que puede llegar muy lejos, y el recelo de los otros chicos se va disipando. Naruto y sus compañeros Sakura y Sasuke, junto a su maestro Kakashi tendrán que enfrentarse a una serie de combates y misiones a lo largo de la historia que les permitirán mejorar y crecer. Naruto se vera enfrentado a sus principales enemigos Akatsuki, Itachi y Kisame.
    

En la segunda temporada de la historia, denominada en el anime Naruto: Shippūden los personajes son tres años mayores y actúan acorde a esto. Las situaciones revelan una trama mucho más elaborada que no se había entrevisto en la primera parte.
Entre ambas partes han pasado tres años en los que cada uno de los personajes de la anterior etapa ha estado entrenando por el camino elegido: Naruto ha estado con Jiraiya el ermitaño, que le enseña a controlar el chakra de Kyūbi para usarlo a su favor, Sakura con Tsunade, Hokage de la aldea, estudiando medicina, y Sasuke con el renegado Orochimaru gracias al cual quiere ganar la fuerza suficiente para derrotar a su hermano mayor Itachi, que asesinó a todos los demás de su clan.

A la vez entran en escena los miembros de la misteriosa Organización Akatsuki que desea capturar para fines revelados sólo muy avanzada la historia a todos los Bijū, monstruos muy poderosos, uno de los cuales es el que está encerrado en Naruto.