En la historia se muestran las vivencias de dos hermanos alquimistas, que pese al tabú impuesto al respecto, intentaron resucitar a su madre. Esta prohibición pesa sobre la llamada transmutacion humana, mediante la cual, si uno comprende perfectamente el proceso, se puede reconstruir de cero un cuerpo humano, e insertar en él, el alma del difunto, u otra creada artificialmente.

La alquimia humana se rige, igual que toda alquimia, por el Principio de Intercambio Equivalente: hay que dar algo de un determinado valor para conseguir algo del mismo valor.Sin embargo, para realizar la dicha alquimia, se necesitan dos cosas muy preciadas: los conocimientos para llevar a cabo la transmutación, y la propia alma. Y por ambas, hay que pagar. Los hermanos Elric desconocían que el precio sería el cuerpo de Alphonse, el menor, y la pierna izquierda de Edward, el mayor. Tras esto, y en un momento de desesperación, Ed sacrificó su brazo derecho para recuperar el alma de su hermano y atarla a una armadura.

  Ed sustituyó los miembros perdidos mediante Automail, y poco después empezó junto a su hermano a viajar por todo el país buscando la forma de recuperar la totalidad de sus cuerpos originales.

Para ello, Ed acepto la oferta de un oficial del Estado, el Teniente Coronel, Roy Mustang, para ser parte del ejercito, donde alcanza el rango de Alquimista Nacional, donde se le da el nombre de Alquimista de Acero (por sus miembros de metal), lo cual les da más libertad de movimiento.

Su búsqueda les lleva por numerosas situaciones, y acaba dirigiéndose a la consecución de un artefacto o sustancia, la Piedra Filosofal, que permite realizar alquimia sin tener en cuenta el Principio de Intercambio Equivalente. No son los únicos que la buscan, unos seres llamados homúnculos persiguen lo mismo con oscuras intenciones.