“And here, I find the real world of emotion has surrounded me, and I can't go on and you are there, the moment that I close my eyes you come to me. We are connected, and now I know I´ll never be alone”

Para entender la trama de Final Fantasy X-2, debemos recordar los hechos acontecidos en Final Fantasy X; que cuenta la historia de Tidus, una superestrella del deporte conocido como Blitzball. En el dramático pasaje inicial de Final Fantasy X, este carismático jugador de los Zanarkand Abes se ve transportado mil años en el futuro por una fuerza misteriosa. Una vez allí conoce a Yuna, una invocadora cuyo mundo, Spira, sufre el azote de un malvado ente llamado Sinh desde hace 1000 años.

Según las enseñanzas de Yevon, sólo un invocador podía combatir a Sinh. Unas criaturas místicas denominadas invocaciones supremas otorgan a la invocadora el poder de llamar a unos poderosísimos espíritus conocidos como Eones, con cuya ayuda la invocadora podía derrotar a Sinh. Aún así este nunca se marchaba del todo y siempre reaparecía en un período de 10 años que la gente llamaba “la calma”.
Yuna consiguió romper ese molde con la ayuda de sus guardianes y de muchos otros. Cuando se produjo la derrota definitiva de Sinh, las invocaciones supremas, los eones e incluso Tidus desaparecieron, y fue revelado que este último no era más que un producto de la imaginación de las invocaciones supremas. A pesar de las pruebas que lo demostraban, Yuna no pudo aceptar que éste fuera el destino de su amado Tidus.

Muchas cosas han cambiado en Spira durante los dos últimos años. Las enseñanzas religiosas de Yevon han perdido su significado, los aparatos albhed ya no están prohibidos y mucha gente ha tenido que buscarse nuevos objetivos en la vida, como los antiguos legionarios, cuya única razón para vivir era derrotar a Sinh. Los sacerdotes del templo de Yevon ya no se sienten útiles, e incluso las invocadoras nobles como Yuna tienen que replantearse su vida. Es irónico, pero la derrota definitiva de Sinh hace dos años y la llegada de la calma eterna han acabado provocando una época de disturbios violentos que está sacudiendo hasta los propios cimientos de Spira.Mientras Yuna ha cambiado de profesión, ahora se ha convertido en estrella del pop que busca la tranquilidad (irónico siendo quien es) en su pueblo de Besaid.
Sin embargo, un buen día se le presenta su prima Rikku, que fue antigua guardiana suya y le muestra una misteriosa esfera que se ha encontrado que no se ve muy bien y en la que se observa un joven clavado a Tidus… pero ¿será realmente él?

Sin pensárselo dos veces Yuna deja Besaid y se une al grupo de Rikku, “las gaviotas” fundado por Rikku y su hermano cuyo fin es encontrar esferas por toda Spira para revelar la historia del pasado de esta. Para ello, viven en una nueva nave voladora de hermano que las lleva a cualquier rincón del planeta en busca de las preciadas esferas.En el barco conocerá a una misteriosa joven que se ha unido a ellos llamada Paine con la que formaran el trío de las gaviotas, ellas serán las que lleven a cabo las misiones.
Poco a poco las gaviotas van descubriendo esferas así como luchan por detener las constantes guerrillas entre los que aún siguen el camino de Yevon bajo el nombre: Nuevo-Yevon y los que se han unido a la liga juvenil que vienen siendo los radicales.

A parte de la situación de violencia a la que deben de hacer frente, Yuna y el resto competirán contra otro grupo de caza esferas dirigidos por una extraña mujer llamada LeBlanc y descubrirán una historia de amor del pasado que puede repercutir y mucho en la actualidad.

Una vez más, el destino del mundo está en manos de Yuna… ¿conseguirá después de todo encontrar al amor de su vida?